Попробовал с кириллицей, использовал онлайн-сканер (
https://products.aspose.app/barcode/ru/recognize/qr#), он правильно считал.
QR формирует не сама программа, а бесплатный сервис quickchart.io. Она в него передает текст и загружает результат - изображение.
Вроде бы никто в интернете не пишет про проблему этого сервиса с кириллицей, но возможно, как-то влияют особенности конкретной системы, не локализированного Windows.
Сможете выложить здесь скриншот QR?